I have this code, that produce the underlying plot:
ggplot(data = df.wind, aes(x=variable, y=value)) + geom_boxplot(fill="gray70")+theme_gray()+
stat_summary(fun.y=mean, colour="darkred", geom="point",
shape=18, size=3,show_guide = FALSE)
where df.wind is a data.frame with two melt column, with x variable and y values (nrow=1564)
dput(head(df.wind, 100))
structure(list(variable = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("1.1",
"1.4", "1.6", "1.7", "1.8", "1.9", "2", "2.1", "2.2", "2.3",
"2.4", "2.5", "2.6", "2.7", "2.8", "2.9", "3", "3.1", "3.2",
"3.3", "3.4", "3.5", "3.6", "3.7", "3.8", "3.9", "4", "4.1",
"4.2", "4.3", "4.4", "4.5", "4.6", "5"), class = "factor"), value = c(0.00648136404831617,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 0.0568710218569573,
0.0331350764009738, 0.000778567742181346, NA, NA, NA, NA, NA)), .Names = c("variable",
"value"), row.names = c(NA, 100L), class = "data.frame")
x variable are from 1.1 to 5 (see the plot belowe).
The red point in the plot are the mean value of boxplot. Now, i would like to fit this function on the red point (mean values) in ggplot:
f.1 <- function(x) {0.20*exp(-1/2*(x-2.44)^2/0.44^2)}
I try with:
stat_function(fun=f.1)
but the results is:
I would like a plot like this: but with ggplot, with standard deviation in gray smoothed shape, can you help me?
the input (before the melt) are:
#the melt is :
#df.wind <- melt(df.first)
> df.first
1.1 1.4 1.6 1.7 1.8 1.9 2 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6
1 0.006481364 NA 0.0568710219 0.0002457609 3.871170e-01 2.200518e-02 0.005475164 1.826136e-01 1.947184e-01 0.5896813676 2.232600e-01 0.3225219218 5.608991e-01
2 NA NA 0.0331350764 0.0046640489 1.843779e-01 1.749766e-01 0.191004819 1.193214e-01 2.962062e-01 0.3851783671 6.182950e-03 0.5348332898 4.677831e-03
3 NA NA 0.0007785677 0.2175048788 2.346405e-01 1.039406e-01 0.001825656 2.269029e-01 2.833296e-02 0.4138489953 9.377955e-04 0.0669620460 1.536969e-01
4 NA NA NA 0.2027838961 2.504343e-05 4.234387e-03 0.380774453 2.370194e-01 2.915897e-01 0.0599432588 3.597421e-02 0.0227235796 3.130949e-04
5 NA NA NA 0.0367588055 2.807767e-03 1.043797e-01 0.095845304 2.650026e-01 3.288862e-01 0.2526289542 1.587802e-01 0.2029812664 3.032966e-01
6 NA NA NA 0.0001293493 5.342767e-03 1.769321e-03 0.113826202 1.683836e-02 4.439024e-02 0.3283661206 2.169965e-01 0.0986317353 6.965810e-03
7 NA NA NA 0.0006016244 1.585400e-05 1.343501e-02 0.151902423 2.279927e-02 3.106943e-01 0.2191588897 2.025941e-01 0.2591057730 9.564509e-02
8 NA NA NA 0.0003273569 5.325572e-02 7.717559e-03 0.001200171 2.025384e-01 6.217285e-02 0.0739923928 1.475138e-01 0.0490003961 4.181948e-04
9 NA NA NA NA 1.278425e-03 7.333455e-05 0.006748834 2.437205e-01 2.086699e-01 0.3121729942 1.604040e-01 0.1522214138 2.760602e-01
10 NA NA NA NA NA 3.831140e-02 0.094883403 3.649736e-01 3.076180e-01 0.0249218123 3.161318e-02 0.1027799792 4.707866e-02
11 NA NA NA NA NA NA 0.601483711 1.289741e-01 3.144645e-01 0.2694828722 1.499636e-01 0.0002089831 5.267470e-02
12 NA NA NA NA NA NA 0.004431897 1.679061e-01 2.336073e-01 0.0080753440 1.148124e-01 0.0002318349 4.456481e-02
13 NA NA NA NA NA NA NA 8.714860e-02 1.368767e-05 0.3077823053 6.334479e-02 0.1301838300 1.609331e-02
14 NA NA NA NA NA NA NA 2.350875e-01 2.356636e-01 0.0224159440 4.949959e-02 0.2966093282 8.454459e-02
15 NA NA NA NA NA NA NA 2.384074e-02 5.570163e-02 0.4247469808 3.452081e-01 0.3216333776 4.160845e-02
16 NA NA NA NA NA NA NA 1.264587e-01 8.635376e-03 0.1347697166 4.080500e-01 0.0001647543 2.631321e-01
17 NA NA NA NA NA NA NA 1.420702e-02 5.428180e-02 0.6103309658 3.911007e-01 0.1509425436 1.489941e-01
18 NA NA NA NA NA NA NA 2.103427e-01 3.737007e-01 0.3007014279 4.938125e-01 0.3973828526 3.383276e-02
19 NA NA NA NA NA NA NA 2.554504e-01 1.147018e-02 0.0002265803 4.591925e-03 0.3572377602 3.123913e-03
20 NA NA NA NA NA NA NA 5.577335e-05 2.335174e-01 0.0012259679 4.286238e-01 0.0161561379 3.614286e-03
21 NA NA NA NA NA NA NA 1.667312e-04 1.073280e-02 0.7883638555 8.441154e-05 0.6982952461 4.818615e-01
22 NA NA NA NA NA NA NA 4.001766e-02 2.752639e-05 0.4168715366 8.879262e-02 0.0996059651 5.569416e-01
23 NA NA NA NA NA NA NA 2.664961e-01 1.072301e-01 0.3107491289 6.056280e-02 0.4275775383 1.234737e-01
24 NA NA NA NA NA NA NA 4.255213e-03 7.977676e-03 0.5816519028 1.002626e-04 0.0353262065 5.315425e-01
25 NA NA NA NA NA NA NA 6.163023e-04 1.837984e-01 0.7605576498 8.716455e-02 0.2690340651 3.893844e-01
26 NA NA NA NA NA NA NA 6.254674e-01 NA 0.0037816680 1.270891e-01 0.7090851147 1.430902e-01
27 NA NA NA NA NA NA NA 1.255314e-04 NA 0.0003029731 1.506215e-04 0.2948073844 4.800682e-04
28 NA NA NA NA NA NA NA 1.108163e-03 NA 0.2367400881 1.597357e-03 0.0188122801 3.765104e-05
29 NA NA NA NA NA NA NA 2.554425e-03 NA 0.3832140107 1.014310e-02 0.0871446820 5.907831e-05
30 NA NA NA NA NA NA NA 2.530984e-01 NA 0.0576820845 3.921193e-03 NA 6.753260e-02
31 NA NA NA NA NA NA NA 1.391381e-01 NA 0.3609909332 1.000000e+00 NA 3.704665e-05
32 NA NA NA NA NA NA NA 3.565458e-05 NA NA 7.390058e-02 NA 2.167710e-01
33 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.837534e-01 NA 4.893506e-01
34 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.616508e-01 NA 4.865724e-02
35 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 9.098772e-01 NA 1.789785e-03
36 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.470068e-01 NA 2.031151e-01
37 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.830038e-01 NA 2.219624e-02
38 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241570e-02 NA 2.260588e-01
39 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.432443e-04 NA 6.782484e-01
40 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.520105e-03 NA 5.582500e-01
41 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.243905e-01
42 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.995666e-02
43 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.474023e-02
44 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.399836e-01
45 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.491312e-03
46 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.471179e-01
2.7 2.8 2.9 3 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9
1 4.499662e-04 4.308965e-01 0.1846289754 0.1495882052 6.437727e-03 1.754048e-05 0.1393672129 0.0001247298 0.0004091646 5.839879e-02 0.0135808849 0.0547941581 0.020006029
2 1.306869e-01 2.861627e-01 0.0841788570 0.0007794227 2.786660e-01 6.188519e-02 0.0969532654 0.0175693273 0.0516393173 1.744447e-02 0.0757759423 0.0055829809 0.002544278
3 3.336478e-01 1.896727e-01 0.1866402182 0.2341742385 2.087043e-01 1.100505e-02 0.0546199912 0.0131491746 0.0332847618 2.534892e-03 0.0179282760 0.0004245233 0.001469554
4 2.830717e-01 1.067222e-01 0.2813401463 0.0015782953 1.041643e-04 1.003798e-01 0.0512842982 0.0112158358 0.0023525605 2.652773e-02 0.0092351396 NA NA
5 1.934817e-01 1.745480e-01 0.2480641519 0.0071154953 9.463470e-04 2.651030e-02 0.0001757652 0.0498236007 0.1768925514 9.057567e-03 0.0006734735 NA NA
6 2.628157e-01 8.548378e-02 0.0750665697 0.0989676920 1.153380e-04 7.905279e-02 0.0287358828 0.0001157812 0.0086979789 5.038585e-05 NA NA NA
7 1.825299e-02 1.687716e-01 0.0322639113 0.0811943959 3.659172e-04 3.108384e-04 0.0800617978 0.0001046283 0.0003794121 NA NA NA NA
8 4.365543e-05 5.042217e-02 0.0346419790 0.0105210803 6.637921e-05 1.126566e-02 0.0917971146 0.0400625240 NA NA NA NA NA
9 2.064168e-01 1.831961e-02 0.0623602459 0.0267009176 2.111716e-03 1.251065e-01 0.0002682661 0.0000352683 NA NA NA NA NA
10 1.369157e-01 1.818023e-01 0.0009934843 0.0017759396 1.987876e-04 2.673977e-01 NA 0.0040503935 NA NA NA NA NA
11 2.447317e-01 3.944215e-02 0.2122951249 0.0240529727 3.126166e-04 2.539193e-01 NA 0.0006627692 NA NA NA NA NA
12 7.528366e-02 8.125089e-05 0.0332381395 0.0137881345 NA 1.188077e-04 NA 0.0001098824 NA NA NA NA NA
13 4.086752e-03 2.821779e-01 0.4631477592 0.2654398549 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
14 3.345307e-01 1.389398e-04 0.1540744209 0.1643144661 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
15 1.991549e-01 3.299329e-01 0.3394782692 0.0030171718 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
16 1.437708e-03 4.952253e-01 0.4763051089 0.1909704485 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
17 6.435376e-05 7.593932e-05 0.0988324122 0.0002964738 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
18 2.932503e-01 1.890247e-02 0.0017489274 0.0109076578 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
19 4.773677e-01 4.435161e-01 0.1552828208 0.0001522862 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
20 4.190843e-01 9.612338e-05 0.2890716709 0.0001810531 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
21 5.624247e-03 NA 0.0016066623 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
22 1.370349e-02 NA 0.0009029369 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
23 2.947277e-03 NA 0.0012422839 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
24 2.104341e-01 NA 0.0002637792 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
25 NA NA 0.0382562883 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
26 NA NA 0.0241366774 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
27 NA NA 0.0852539202 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
28 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
29 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
30 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
31 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
32 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
33 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
34 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
35 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
36 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
37 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
38 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
39 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
40 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
41 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
42 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
43 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
44 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
45 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
46 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
4 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 5
1 0.001269770 0.2891099 0.003761482 0.0008819435 0.04863082 NA 0.003254704 0.00678208
2 0.003180993 NA NA 0.0071604527 NA NA 0.013918034 NA
3 0.024833000 NA NA NA NA NA NA NA
4 0.001493825 NA NA NA NA NA NA NA
5 0.000069243 NA NA NA NA NA NA NA
6 NA NA NA NA NA NA NA NA
7 NA NA NA NA NA NA NA NA
8 NA NA NA NA NA NA NA NA
9 NA NA NA NA NA NA NA NA
10 NA NA NA NA NA NA NA NA
11 NA NA NA NA NA NA NA NA
12 NA NA NA NA NA NA NA NA
13 NA NA NA NA NA NA NA NA
14 NA NA NA NA NA NA NA NA
15 NA NA NA NA NA NA NA NA
16 NA NA NA NA NA NA NA NA
17 NA NA NA NA NA NA NA NA
18 NA NA NA NA NA NA NA NA
19 NA NA NA NA NA NA NA NA
20 NA NA NA NA NA NA NA NA
21 NA NA NA NA NA NA NA NA
22 NA NA NA NA NA NA NA NA
23 NA NA NA NA NA NA NA NA
24 NA NA NA NA NA NA NA NA
25 NA NA NA NA NA NA NA NA
26 NA NA NA NA NA NA NA NA
27 NA NA NA NA NA NA NA NA
28 NA NA NA NA NA NA NA NA
29 NA NA NA NA NA NA NA NA
30 NA NA NA NA NA NA NA NA
31 NA NA NA NA NA NA NA NA
32 NA NA NA NA NA NA NA NA
33 NA NA NA NA NA NA NA NA
34 NA NA NA NA NA NA NA NA
35 NA NA NA NA NA NA NA NA
36 NA NA NA NA NA NA NA NA
37 NA NA NA NA NA NA NA NA
38 NA NA NA NA NA NA NA NA
39 NA NA NA NA NA NA NA NA
40 NA NA NA NA NA NA NA NA
41 NA NA NA NA NA NA NA NA
42 NA NA NA NA NA NA NA NA
43 NA NA NA NA NA NA NA NA
44 NA NA NA NA NA NA NA NA
45 NA NA NA NA NA NA NA NA
46 NA NA NA NA NA NA NA NA
>
variable
column a character vector, a factor, or numeric? – David Robinson