I know i might be a bit too late for a reply, but I was having a similar problem and did not find an answer easily. I hope this helps others facing the same issue.
To recreate the problem, you can use this example with two problematic text excerpts:
library("tm")
library("textclean")
dt <- c("Vi ville också att husmodellen skulle ” ta in” det fina älvläget så mycket som möjligt.”",
"Det är betydligt trivsammare att jobba härifrån än att sitta och ” arbeta” i ett kontorsrum i centrum.")
The dt looks like this:
> dt
[1] "Vi ville också att husmodellen skulle ” ta in” det fina älvläget så mycket som möjligt.”"
[2] "Det är betydligt trivsammare att jobba härifrån än att sitta och ” arbeta” i ett kontorsrum i centrum."
In my case, the problem arises because I have curly braces in the text. removePunctuation does not identify this type of braces as punctuation, so after applying it to my text I still have the curly braces.
> removePunctuation(dt)
[1] "Vi ville också att husmodellen skulle ” ta in” det fina älvläget så mycket som möjligt”"
[2] "Det är betydligt trivsammare att jobba härifrån än att sitta och ” arbeta” i ett kontorsrum i centrum"
I found package textclean (2018) has a function that replaces the curly braces with \" which can then be removed using removePunctuation:
> removePunctuation(replace_curly_quote(dt))
[1] "Vi ville också att husmodellen skulle ta in det fina älvläget så mycket som möjligt"
[2] "Det är betydligt trivsammare att jobba härifrån än att sitta och arbeta i ett kontorsrum i centrum"
If you still want help to solve the other problems you mentioned, please add a code example for your data set so we can reproduce the errors and possibly fix them.